Hier beschreibe ich, wie man mit einem gepatchten GROAMCS (der Patch implementiert das IMD Protokoll) interaktive Simulationen starten kann.
Interaktive Moleküldynamik ermöglicht das Beobachten und Interagieren mit einer laufenden MD Simulation. Dazu wird der VMD Molekülviewer als Client verwendet. Der Benutzer kann mit einer Maus oder einem Force-Feedback Haptikgerät an Teilen des Moleküls, an Atomen, Residuen oder Fragmenten ziehen und so die Simulation beeinflussen.